位于東京西部的巨大“學園都市”。在總?cè)丝谶_230萬人,其中約8成是學生的這座都市中,實施著超能力開發(fā)的特殊課程,學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價?! 「咧猩蠗l當麻,也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力,就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”,而被評價為名落孫山的“無能力”,過著充滿不幸的人生。 而上條的學生生活,由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始,上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方,在驚險地解決雙方事件的過程中,他的人際關(guān)系也逐步擴展。之后,魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教,終于注意到上條的存在……?! ∪缤魬?yīng)魔法方一般,科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現(xiàn)。那些通過與上條有所關(guān)聯(lián),而使命運大為改變的“英雄”們。 他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣?! 】茖W與魔法第三次交織之時,故事將大幅推進??!